وی رئیس فرهنگستان علوم اسلامی و از نظریه‌پردازان در باب نسبت بین علم و دین است و رویکردی نو در پایگاه وعظ و دلالت‌های زبانی، جهت‌داری علوم از منظر معرفت‌شناختی (مناظره)، گفتارهایی پیرامون تحول در علوم انسانی، بینش تمدنی، تقریری از کلام اجتماعی سید محمدمهدی میرباقری، جستارهایی در مبانی ولایت فقیه، نسبت اخلاق و فناوری اطلاعات، هنر، دین، تجدد از جمله تالیفات او است.

آیت‌الله میرباقری داوطلب نمایندگی مجلس خبرگان رهبری از استان البرز است که ثبت‌نام خود را در قم انجام داد.